丁  超（党委副书记）：分管办公室、海口航道所、三亚航道所，负责纪检相关工作，协管党建工作。

陈小旭（副局长）：分管规划财务科、航运管理科、政策法规科、马村航道所、琼海航道所，协管审计工作。

薛宏蕾（副局长）：分管人事教育科、铺前航道所、清澜航道所，负责工会相关工作。

彭  萌（总工程师）：分管港口管理科、航道航标科、安全执法科、儋州航道所、东方航道所。