根据海南省机构编制委员会《关于成立海南省交通规费征稽机构的批复》(琼编〔1993〕132号)，1993年12月，成立了海南省交通规费征稽局，为省交通运输厅下属正处级公益一类事业单位。省交通规费征稽局下设3个副处级单位，分别是海口、三亚、儋州分局，另设港口、稽查局、琼山、文昌、琼海、万宁、陵水、定安、屯昌、琼中、五指山、保亭、澄迈、临高、洋浦、白沙、昌江、东方、乐东分局共19个正科级单位，共有核定事业编制551名。

2003年4月，经省交通厅直属机关党委批准，成立了中国共产党海南省交通规费征稽局委员会，设立局党委办公室，同年6月成立了中国共产党海南省交通规费征稽局纪律检查委员会，全省目前共有24个党支部(含局机关离退休党支部)，现有党员328人(其中在职党员204人，退休党员124)。

海南省交通规费征稽局主要职责为:负责宣传、执行国家有关法律法规和本省有关地方性法规、规章;实施全省机动车辆通行附加费的征收稽查工作，做到依法征费，应征不漏;负责燃油的销售、运输的监督管理，核验通行附加费的征收情况;依法查处偷漏通行附加费的行为。