根据工作职责，内设12个处级职能机构：办公室、综合规划处、财务处、组织人事处(老干部工作处、机关党委、机关工会)、建设管理处、运输与物流管理处(出租车指导办公室、绿色通道管理办公室)、安全监督处(应急指挥办公室) 、政策法规处、科技教育处、审计监察处(信访处) 、行政审批办公室 。

办公室：起草、审核有关综合性文件和重要报告；负责会议组织、秘书事务、信息综合、文电处理、文书档案管理和机要保密工作；制定厅机关内部管理规章制度；负责办公现代化管理工作；负责政务公开和信访工作；负责厅机关行政、后勤事务管理工作。（主任：许教春（主持工作），联系电话：65306938。值班电话：65343827）

综合规划处：负责综合运输体系规划工作；组织编制公路、水路交通建设发展规划和年度计划；参与拟定物流业发展战略和规划；负责交通工程项目的前期工作和设计审查、报批等管理工作；负责交通行业标准和工程定额管理工作；负责编制港口布局规划及港口总体规划的审查、报批工作；负责使用 （深水）岸线的审查及上报工作；负责使用 （深水）岸线的水运工程项目工程可行性报告的审查和初步设计文件审查、审批和上报工作；负责交通行业统计、预测、信息工作。（处长：王风，联系电话：65318096）

财务处：拟定全省交通运输行业有关的财务会计规章制度并组织实施；负责交通运输建设资金的筹集、融资、调度，负责外汇、信贷以及利用外资有关工作；负责全省交通规费的征收管理工作;负责交通部门预决算编制并组织实施；负责国家及省财政下拨交通专项资金的使用监督工作；负责厅直属单位国有资产的管理和保值增值的监督管理；指导全省交通行业财务管理工作。机关财务管理工作按有关规定执行。（副处长（主持工作）：卓玲，联系电话：65312730）

组织人事处：负责厅机关及所属事业单位的机构编制、组织人事及工资福利工作；承担有关外事工作及人才引进工作；负责交通运输系统干部队伍建设工作;负责厅机关及直属单位党群工作;负责厅机关老干部管理工作，指导厅属单位老干部管理工作。（处长：许教春，联系电话：65220319）

建设管理处：组织拟定交通基本建设工程的行业政策、法规、规章和技术标准及实施细则、办法；负责交通基本建设市场监管，维护交通行业基本建设市场平等竞争秩序；负责交通工程项目监理、招标投标、质量监督工作；负责组织交通工程竣工验收和决算工作；负责组织实施国家、省重点交通工程建设及国、省干线公路建设监管工作；负责国、省道公路养护与路政管理的监管工作，指导和监督县道以下公路建设、养护管理工作。（副处长（主持工作）：潘德雄，联系电话：65222398）

运输与物流管理处：参与拟定全省综合运输体系发展战略规划，承担综合运输体系协调工作；实施运力宏观调控，监督全省道路运输市场监管工作；承担全省水路运输市场监管工作，拟定相关政策、制度和标准并监督实施；负责城市客运、自驾租赁车的行业监管；指导和协调全省地铁、民航机场、城市地铁、轨道交通运输管理工作；按规定承担物流市场有关工作，负责制订现代物流业发展规划，及规划实施过程中的协调服务：负责绿色通道管理工作；监督全省港口管理工作；负责航道和船舶引航服务的行业管理工作；指导琼州海峡运输管理工作。（处长：黄澎，联系电话：65220103）

安全监督处：负责管理交通行业安全工作；负责拟定安全应急预案，指导有关安全生产和应急处置体系建设;组织实施国家道路、水路重点物资运输和抢险救灾物资运输；负责社会治安综合治理工作；及时通报重大交通安全情况；受交通运输部委托，负责港口公安管理工作。（处长：刘昌义，联系电话：65316142）